Музей геологии докембрия основан 18 мая 1961 г. как самостоятельное подразделение в структуре Института геологии. Музейная экспозиция развернута в двух залах. В верхнем зале экспозиции посвящены основным вопросам истории горной добычи и геологических исследований в Карелии (Олонецкая губерния), геологии, металлогении и полезным ископаемым докембрия Восточной Фенноскандинавии. В нижнем зале представлены экспозиции по разделам, посвященным рельефу и четвертичным отложениям Карелии, эволюции жизни на Земле, минералогии и строматолитам Карелии и мира ( в данном разделе есть уникальная коллекция, не имеющая аналогов в других музеях), а также природному камню архитектурного назначения, включая мозаичный пол и лестницы, сложенные плитами из блоков природного камня, добытых в карельских карьерах и обработанных на Кондопожском камнеобрабатывающем комбинате, и подарочные столы из габбродиабаза от компании «Интеркамень».

В музее геологии докембрия посетители знакомятся с удивительным каменным миром, который раскрывает страницы геологической истории от 3.5 млрд лет до н.э. и до настоящего периода. Многочисленные описания, геологические карты, разрезы, схемы, диаграммы, фото помогают представить полную геодинамическую картину длительной эволюции докембрийских структур на территории Карелии и всего Фенноскандинавского щита и объясняют, что такое палеовулканология и как зарождалась растительная жизнь на Земле, как составляются глубинные разрезы земной коры, какие условия определили формирование железных руд, золота, платины, алмазов и других полезных ископаемых на территории Карелии.